Het St. Antonius Ziekenhuis is het grootste niet-academische opleidingsziekenhuis in Nederland en levert topklinische zorg. Dit is hooggespecialiseerde zorg, zoals hartchirurgie, neurochirurgie, IV, etc., waarvoor relatief dure en gespecialiseerde voorzieningen nodig zijn, veelal met een apart bekostigingskader. Deze zorg heeft doorgaans een bovenregionale functie.

In dit kader zijn wij samen met andere topklinische ziekenhuizen in Nederland aangesloten bij de STZ, de vereniging Samenwerkende Topklinische Opleidingsziekenhuizen. De STZ is een platform voor overleg en biedt de aangesloten ziekenhuizen ondersteuning, met name op het gebied van wetenschappelijk onderzoek en opleidingen. Daarbij streeft het STZ naar afstemming met de academische medische centra.

Onze bijzondere en topklinische functies zijn:

• Abdominale aortachirurgie en carotischirurgie: operaties aan de grote lichaamsslagader in de buik en de halsslagader.
• Automatische Implanteerbare Cardioverteerder Defibrillator (AICD)*: het implanteren van een defibrillator om hartritmestoornissen te stoppen.
• Bijzondere expertise interventiecardiologie: dotteren, plaatsen buisje (stent) 
• Bijzondere tandheelkunde* 
• Pijnbestrijding door middel van een pijnpompimplantatie via het ruggenmerg 
• Hemodialyse*: een methode om het bloed te zuiveren als de nieren (bijna) niet meer werken 
• Het centrum in Nederland voor thoracale aneurysma-chirurgie: operaties of stentplaatsing aan uitgerekte bloedvaten in borstkasgebied. 
• Hypertherma IntraPEritoneale Chemotherapie (HIPEC): een operatie die wordt toegepast bij darmkanker waarbij de buikinhoud extra wordt opgewarmd. 
• Interventieradiologie: dotteren, stentplaatsing, stolsels oplossen, bloedingen stoppen met korreltjes. 
• Landelijk kenniscentrum interstitiële longziekten en bijzonder hoogleraarschap. Bij interstitiële longziekten is sprake van verlittekening en bindweefselvorming van het longweefsel waarbij de ruimte tussen het longblaasje en het bloedvat is aangetast. 
• Operaties om het longvolume te reduceren bij uitgerekte longen en longblaasjes. 
• Deelname aan het hart-longtransplantatieprogramma van het Universitair Medisch Centrum Utrecht (UMCU). 
• Oncologisch centrum 
• Post Intensive Care neonatologie voor regio Utrecht* 
• Regionaal hartinfarctcentrum 
• Regionale Intensive Care-functie (level 3, d.w.z. hoogste graad) 
• Operaties bij hartritmestoornissen* 
• Stamceltransplantatiecentrum* 
• Telechirurgie: verrichten van een meekijkoperaties op afstand met gebruik van een robot.

* Dit zijn topklinische functies waarvoor een ziekenhuis speciale toestemming nodig heeft.