De St. Antonius Apotheek heeft een samenwerkingsverband met apotheek de Roerdomp, de apotheek van gezondheidscentrum de Roerdomp in Nieuwegein en met Klinische Farmacie van het St. Antonius Ziekenhuis.

Door de goede samenwerking met de medisch specialisten en Klinische Farmacie van het St. Antonius Ziekenhuis beschikt de St. Antonius Apotheek over een volledig assortiment geneesmiddelen. Hierdoor zijn de voorgeschreven geneesmiddelen bijna altijd op voorraad.
Daarnaast maakt deze samenwerking het mogelijk om de kwaliteit van de farmaceutische zorg te verhogen.